После установки терминальных служб на Windows 2000 Server программа 1С: Предприятие при ее запуске локально подвешивает компьютер, из-под терминальных сессий – все нормально.
Следует устанавливать 1C: Предприятие уже после установки служб терминалов, причем обязательно запуская установку через "Панель управления/Установка и удаление программ" и внимательно читая то, что там скажут.
Дело в том, что после установки терминальных служб включается переназначение каталогов Windows и Windows\system32 в каталог внутри личной папки пользователя для того, чтобы пользователи при установке разничных программ не навредили друг другу. Этот режим включается/отключается командой change user /install, change user /execute или же аплетом установки программ.