После перехода на SQL версию программа стала работать гораздо медленее.
Возможно, у вас слишком слабый компьютер выделен под сервер SQL. Особенно чувствителей SQL сервер к количеству оперативной памяти. Не исключено, что конфигурация не приспособлена к SQL-версии.