Будет ли работать быстрее программа если перейти на работу с SQL-сервером?
Не во всех случаях. Проведение документов в большинстве случаев – медленее. Желательно оптимизировать конфигурацию под работу с SQL-сервером. Современные типовые (разработанные фирмой 1С) конфигурации (Комплексная 4 и Торговля 9) – работают медленно (прежде всего, проведение), даже на очень мощных серверах.